北京航空航天大学医院是在北京市卫生主管部门登记注册的正式名称，对内俗称校医院，是1959年2月由原来的卫生科扩建为医院的。1988年由北京市卫生主管部门（88）京卫医字第958号文件批准为高校系统区级医院。1996年由北京市卫生主管部门核发《医疗机构执业许可证》。1999年由海淀区卫生主管部门批准为一级甲等医院。2000年10月由北京市劳动和社会保障主管部门、北京市卫生主管部门批准为医疗保险改革首批定点医院（北京市文件公布的医疗保险改革首批定点医院中，高校校医院中只有北京大学校医院和北航校医院两家）。2001年由北京市卫生主管部门批准为北航社区卫生服务中心。2001年在首都创建文明行业活动中被评为《规范化服务达标》医院。同年还由北京市卫生主管部门批准为非政府办非盈利性医院。至此，校医院已具备所有应该有的标牌，为今后全校师生员工及居民医疗卫生服务工作奠定了良好基础。
　　
医院位于大学院内西南侧，占地8500平方米，主要建筑为“工”字形二层结构，医院全部建筑面积10550平方米。共有固定资金4809万元。
　　
现有员工101人。其中有卫生系列专业技术职称的84人，占84%。医师41人，其中有全科医师24人；护士24人；医技人员8人；防保人员4人；药师7人。高级职称者25人；中级职称者39人，初级职称者23人。本科以上学历50人，硕士13人，博士2人。
　　
医院实行院长负责制，现有正、副院长及总支书记共五人。医院编制七个科室：内科、外科、药剂科、护理部、保健科、中医科、行政及后勤科室。还设有急诊值班室，每天24小时有医师和护士轮流值班及随时出诊，上门为急诊患者服务。同时在沙河校区设立医务室。医院还设有社区服务部，派出全科医师及护师开展社区服务工作，建立家庭病床，上门出诊、输液等为居民服务。

医院主要医疗设备：
德国西门子公司产：VXplus数字拍片机，可用于拍片及造影等；
美国GE公司产：TH-600型多功能胃肠机一台，可用于拍片及造影等；
日本柯尼卡公司产：SRX101-A型全自动洗片机一台；
北京万东公司产：F108型X光透视机一台，用于常规胸腹部透视等；
芬兰产Planmeca牙科拍片机一台，用于口腔牙齿拍片；
韩国及台湾产牙科综合治疗台各一台，用于各种口腔疾病的治疗；
日本日立公司产：日立-7080型全自动生化分析仪一台，用于检验肝功、血脂、血糖、心肌酶等生化项目；
法国产ABX-MICROS-60型全自动血球分析仪一台，用于红血球、白血球、血红蛋白、血小板等15项常规血液分析；
桂林产HT-2000型尿11项全自动分析仪一台；用于常规尿液检验；
德国西门子G60彩色超声诊断仪一台，用于肝、胆、胰、脾、肾等疾病的诊断；
日本产福田牌自动分析心电图机一台；
医院现有的医疗设备可基本满足基层医院的临床需要，但随着广大教职工、大学生对医疗需求的不断增加，还将需要进一步增加有关的医疗设备。